各种方法被用来揭示与适应性进化一致的分子印记。FST离群值分析（fst）扫描基因组以寻找基因座特异性效应，假设其反映了多样化或平衡选择，如较高的（阳性离群值）或更低（负离群值）遗传分化（FST）与中性背景水平相比，分别(Beaumont & Balding, 2004; Beaumont & Nichols, 1996; Excoffier, Hofer, & Foll, 2009; Hohenlohe, Phillips, & Cresko, 2010)。
这种方法通常需要来自不同群体的大样本（Eveno et al，2008年），并没有考虑到环境的异质性。为此，基因型-环境关联（GEAs）标记等位基因频率与环境梯度密切相关的基因（Coop，Witonsky，Di Rienzo，& Pritchard，2010; de Villemereuil，Alberhot，Bazin，François，& Gaggiotti，2014; Schoville，Bouchard和François，2013年），经常揭示FST离群值分析无法检测到的自适应模式（Rellstab，Gugerli，Eckert，& Holderegger，2015）。
