#本次记录使用pymol进行分子对接可视化的过程1.首先将小分子配体和蛋白同时导入pymol最好是蛋白是pdb格式小分子是mol2格式2.导出为蛋白-小分子复合体。2.删除复合体的水分子remove waters。3.将复合体导入pymol并将小分子配体重命名为lig。4.同样的方法将蛋白质重命名为pro点击蛋白质任意位置后CtrlA5.更改蛋白和配体的颜色6.展现蛋白和配体的相互作用--氢键find-polar contacts-to other excluding solent7.展现和小分子配体相连的蛋白质氨基酸的棍棒结构将selecting改为Residues并选中与氢键相连的氨基酸残基给其重命名为A并改变颜色然后隐藏蛋白的棍棒结构再将相连氨基酸的棍棒结构展现出来。同时可以把背景调为白色。8.调整透明度至适当位置Transparency--Cartoon--40%9.展现氨基酸名字(A)--label--residues、展示氢键力show--labels、调整标签大小setting--label--size在MouseMode处将模式调整为3-Button Editing按住ctrl就可以使用鼠标拖动标签。显示3-Button Viewing可以使用鼠标移动蛋白结构。10.展示立体结构在pro--show--surface里面可以展示立体结构11.将背景变为白色display--background--whiteDraw/Ray的分辨率调为300点击drawfast就可以保存到文件或者粘贴板。大概做出来的结果可以像这样补充如果你的对接分数很高但是显示出来的并没有氢键那也是完全正常、可信的。因为分子对接打分里占大头的根本不是氢键而是范德华力形状贴合疏水相互作用小分子越疏水、口袋越疏水分越低越好这两项加起来经常贡献 -10 -20 kcal/mol。而氢键一般只贡献-1 -3 kcal/mol所以疏水配体 疏水口袋→ 就算0 个氢键→ 照样能拿到-7 ~ -10所以可以写该化合物虽然未与靶点形成经典氢键但凭借良好的形状互补性与强疏水相互作用仍表现出较高的对接亲和力docking score -8.9 kcal/mol说明疏水作用是其结合的主要驱动力。最简单判断标准-7.0 以下有结合潜力-8.0 以下不错-9.0 以下很好-10 以下很强解决办法没有氢键的情况下需要主要展示疏水作用可以直接在pymol里面输入以下指令展示口袋show surface, protein within 5 of ligand可选color lightgray, protein within 5 of ligand transparency 0.7关键残基展示疏水作用select pocket_resi, byres (protein within 4.5 of ligand) show sticks, pocket_resi color paleyellow, pocket_resi这张图你要强调的内容配体完美嵌在口袋里配体与口袋形状高度匹配周围大量疏水残基包围配体无空间碰撞、构象合理该化合物主要通过疏水作用与形状互补与靶点结合虽未形成经典氢键但仍具有良好的结合亲和力。