摘要增强子是进化保守的顺式调控元件可调控发育、适应性与表型多样性相关的时空基因表达程序。依托海量多组学数据的快速增长升级初代EnhancerDB数据库开发EnhancerDB 2.0用于系统解析增强子调控网络、开展多组学基因调控解读。EnhancerDB 2.0由仅人类单一物种拓展至人、小鼠、斑马鱼、果蝇、酵母5个物种增强子条目总量达1,605,856条。数据库大幅扩充注释内容包含转录因子结合位点、靶基因/微小RNA/长非编码RNA、单核苷酸多态性、CRISPR-Cas9靶点、染色质开放区、重复序列、甲基化位点、全基因组关联分析位点注释条目总计近1亿条。此外平台优化检索功能新增可生成符合期刊标准图表的分析模块。综上EnhancerDB 2.0为解析增强子介导的基因调控提供易用平台是生物、医学、遗传学领域研究者的实用资源。zhiyunguoswjtu.edu.cn#数据库 #转录因子结合位点 #微小RNA #基因 #增强子EnhancerDB 2.0整体架构示意(a) 增强子数据采集数据源包含ENCODE、GEO、Roadmap数据库依托DNase-seq、ChIP-seq测序数据集构建增强子原始数据新增物种人、小鼠、果蝇、斑马鱼、酵母(b) 数据处理流程以H3K27ac高信号、H3K4me1/H3K4me3高比值为筛选标准最终收录1,605,856条增强子(c) 注释模块涵盖SNP/eQTL/全基因组关联分析位点、转录因子结合位点、靶基因、甲基化位点、CRISPR-Cas9靶点、长非编码RNA/微小RNA(d) 分析模块组织间增强子对比、增强子-基因/微小RNA调控关系分析、基因组可视化、增强子重叠分析。引言搭建流程与系统架构表1EnhancerDB 1.0与EnhancerDB 2.0数据、功能对比NA代表该物种无对应数据√代表功能可用×代表初代无该功能。结果案例演示图1 EnhancerDB 2.0完整工作流程左上数据采集ENCODE/GEO/Roadmap原始测序数据、数据处理H3K27ac/H3K4me1筛选总计1,605,856条增强子右上注释数据源汇总转录因子、基因、SNP、eQTL、lncRNA、CRISPR、甲基化、ATAC、GWAS数据库中部6边形为数据库核心环绕7大功能模块浏览、检索、分析、下载、统计、提交、物种筛选。图2 EnhancerDB 2.0网页界面与使用说明(a) 顶部导航栏首页/浏览/检索/分析/下载/统计/提交/帮助(b) 浏览页面左侧物种、疾病、组织分类目录(c) 7大检索功能入口(d) 8大在线分析模块界面(e) 数据下载页面(f) 全库统计可视化图表(g) 数据提交页面(h) enh10005增强子详情页基础信息、完整注释、靶基因表达热图。数据无需注册登录即可下载全部数据集EnhancerDB 2.0公开访问地址https://lcbb.swjtu.edu.cn/enhancerDB2.0/详细总结思维导图1代vs 2代核心升级参考Mol Biol Evol. 2026 Jul 2;43(7):msag161. doi: 10.1093/molbev/msag161.EnhancerDB 2.0: a comprehensive cross-species enhancer atlas注AI辅助创作如有不当欢迎指出。内容仅供参考不构成任何建议。