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网络药理学:零基础复现一篇生信文章(下):GO、KEGG富集分析(metascape数据库和微生信在线作图、logP和p值在线转化)

时间:2025/8/6 0:14:26来源:https://blog.csdn.net/zhiaidaidai/article/details/141980762 浏览次数:0次

DAVID数据库下载GO和KEGG所需数据集

见如下文章:
https://zhuanlan.zhihu.com/p/657096321

该文章只提了如何下载KEGG数据集,下载GO数据集的话,则是如下:
在这里插入图片描述
下载下来分别是GO的三个数据集文件。

R语言和RStudio(R语言的开发环境)安装和下载

建议参考如下文章:
https://www.bilibili.com/read/cv26777416/

GO和KEGG富集分析

推荐视频(必看!)

在进行该文章复现之前,希望大家能对GO和KEGG富集分析有一个大概的了解,推荐把以下前置知识看完,总共也才用时十几分钟。

B站:https://www.bilibili.com/video/BV16GpmeSEkD/,主要把什么是富集分析,为什么需要富集分析,以及什么是GO和KEGG富集分析讲清楚了。

up主补充在评论区的知识点:P值大小可以简单的理解为可信度的高低,p值越小可信度越高。在本次的例子中,P值越小,我们就越有把握说某个基因是差异基因;p值越大,结果不具有可信度,就没把握说某个基因是差异基因。
因此在统计学上通常以p=0.05为标准,小于0.05结果可信度高,大于0.05的数据一般用不了
在这里插入图片描述

B站:https://www.bilibili.com/video/BV1zF41197XB/,这个讲了常见GO富集分析的结果图有哪些,怎么看结果图(譬如横纵坐标有什么意义),还讲了如何快速从Log P转为P值,以及如何利用微生信在线做图。

但是up主讲错了一点,就是metascape可以勾选多条条件,譬如把Go的CC、BP、MF都勾选上,然后去富集分析。

在这里插入图片描述

做出来的图长这样:
在这里插入图片描述
B站:https://www.bilibili.com/video/BV1HU4y1m7Vu/,详细讲解了GO数据集的各个数值代表的意义。
在这里插入图片描述

B站:https://www.bilibili.com/video/BV1Fg411n7hx/,讲了怎麽从metascape下载KEGG的数据集。
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其他补充:Fold Enrichment≈富集因子≈Rich Factor。而FDR是另一种指标,一般KEGG气泡图的横坐标是前者。

B站:https://www.bilibili.com/video/BV1zG411A7kG/,教你KEGG富集分析后如何挑选核心通路,进而挑选核心靶点。
在这里插入图片描述

选择合适的蛋白受体

https://cloud.tencent.com/developer/article/1793665

b站:分子对接 - 怎么从PDB数据库选蛋白结构 https://www.bilibili.com/video/BV1E64y1Z77W

如下视频对于小白不是很推荐,不是说视频不好,而是初学者暂时用不到:
在这里插入图片描述

R代码

待更

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