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凡客v十商城还在吗_长沙三日游最佳路线_数字营销软件_seo职业培训学校

时间:2025/7/11 20:07:00来源:https://blog.csdn.net/pxy7896/article/details/146332520 浏览次数:2次
凡客v十商城还在吗_长沙三日游最佳路线_数字营销软件_seo职业培训学校

参考:
A. Krogh, B. Larsson, G. von Heijne, and E. L. L. Sonnhammer.
Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: Application to complete genomes.
Journal of Molecular Biology, 305(3):567-580, January 2001.

centos(龙蜥)安装ImageMagick的相关依赖和支持库-CSDN博客
https://blog.csdn.net/zhangjing_angry/article/details/130155765


目录

  • 安装
  • 配置
    • 基础配置
    • 升级配置

环境:

(base) [root@localhost bin]# uname -a
Linux localhost.localdomain 4.18.0-348.el8.x86_64 #1 SMP Tue Oct 19 15:14:17 UTC 2021 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

安装

官方要求已安装Perl 5.x,实际不止这个,还要安装:

  1. gnuplot
    gnuplot是画图用,如果不需要画图可以不安装,或者修改配置(后面会写)。
    yum install gnuplot
    
    测试:
    gnuplot --version
    
  2. convert命令
    bin/tmhmm.pl第203行调用系统命令convert(同样也是跟画图相关的)。该命令来自ImageMagick包,如果没装需要安装:
    yum install ImageMagick
    yum install ImageMagick-devel
    
    检查:
    convert -v
    
    如果yum提示找不到ImageMagick,则可以配置yum源,即安装EPEL源:
    yum install https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-8.noarch.rpm
    

配置

这个配置分两块,一部分是基础配置,一部分是“升级”配置。前者来自官方说明,后者是我使用时用过的。

基础配置

  1. perl的位置
    如果perl的路径不是/usr/local/bin/perl,则需要修改bin/tmhmmbin/tmhmmformat.pl的第一行。首先找到perl的位置:

    (base) [root@localhost bin]# whereis perl
    perl: /usr/bin/perl /usr/share/man/man1/perl.1.gz
    

    所以修改这两个文件的第一行为:
    在这里插入图片描述

  2. 配置opt_basedir
    这个在 bin/tmhmm的33行左右,修改为tmhmm2.0的根目录即可。

  3. 配置gnuplot
    这个在bin/tmhmmformat.pl11行左右,修改为真实的gnuplot的位置即可。

升级配置

有时候只想要计算数据,不需要获取图像,就可以修改bin/tmhmm的绘图参数,从1改到0即可。那么此时是不用安装与绘图相关的工具包的。
在这里插入图片描述

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