11. 利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-2

来源： “码农不会写诗”公众号
链接：利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-2

文接上篇

  上篇利用Material Studio(MS)完成了PE体系（2条C150H300链）的建模和优化平衡（几何优化、模拟退火、动力学平衡）工作，本文借助msi2lmp工具将其转化为Lammps所支持的文件格式。

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01 msi2lmp工具简介

Lammps提供的msi2lmp工具可以很方便的进行MS模型到Lammps data文件的转换。

1. 编译生成msi2lmp可执行文件

cd lammps/tools/msi2lmp/src  # 修改为下载的lammps路径
make

不想编译怎么办？
关注公众号回复关键词：msi2lmp

2. 使用方式

msi2lmp.exe -h    # 查看使用帮助

常用参数 :
– -ignore 忽略警告和报错信息
– -class 使用力场类别
– -frc 力场文件

02 赋予模型CVFF力场

若前面几何优化，退火，动力学等步骤未使用CVFF力场，会导致导出的car/mdf文件缺失如原子质量等信息，无法转换为data文件，所以导出car/mdf文件之前需要赋予CVFF力场。

Modules->Discover->Setup

Discover Setup-Energy
选择cvff力场

Discover Setup-Typeing
Calcculate 力场参数

03 导出car/mdf文件

File->Export->Insight Molecule Files

导出成功后，产生两个文件xxx.car和xxx.mdf

04 生成data文件

路径有空格需要引号包起来;
相对路径是当前路径起始，不确定时使用绝对路径；

msi2lmp.exe car/mdf文件路径（不带文件后缀） -class I -ignore -frc 力场文件路径

例：

./msi2lmp.exe ./pe -ignore -class I -frc ./frc_files/cvff.frc

05 data文件进一步处理

如此生成的data文件（如下图Masses部分）需要进一步处理以更好的服务于Lammps。这部分内容以后有机会再分享，另外AutoRMA也提供了此服务，朋友们可以期待一下子。

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至此已经成功生成Lammps模拟所需要的data文件了。再次恭喜坚持学习到本节的朋友，从下节就正式进入Lammps命令相关的知识了。今天就到这里啦，有问题可后台或者评论哦，拜了个拜~

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