当一组表型同时关联多个基因时表格可以列清楚配对关系却不容易让读者快速看出哪些节点连接较多、不同类别如何分布。弦图把两类实体排在圆周两侧用弦表示对应关系并按节点的类别着色简洁清晰。适合展示表型与基因、GO term 与基因、细胞类型与 marker 基因等两类实体间的关系。 论文案例《Nature Genetics》文章 Genome-wide association study meta-analysis provides insights into the etiology of heart failure and its subtypes 的 Figure 5 a展示了心力衰竭总体表型与相关表型的遗传共定位。将22个相关表型与42个心衰易感位点连接起来。每条弦表示一个位点与一个表型之间的共定位关系。▲ 论文 Figure 5a弦图图左侧黑色名字为22个表型右侧红色名字为44个基因名称。小圆圈中的数字表示节点连接数量弦线颜色对应表型类别。️ 作图地址https://www.bioinformatics.com.cn/plot_relationship_circle_chord_diagram▲ 图1绘图页面 五步出图从数据到矢量图Step 1准备数据点击图片上方的「示例数据」可以下载示例数据使用Excel 查看数据结构。▲ 图2示例数据示例数据包括两部分第一部分是连线数据包括 source 和 target 两列。每一行表示一条关系source 是起始节点例如表型target 是目标节点例如基因。第二部分是节点分组数据包括 source 和 class 两列。source 要与连线数据第一列中的名称一致class 用来指定起始节点所属的类别例如心血管相关、代谢相关等。两列实体可以按研究问题替换。例如source 是 GO term、target 是基因或者 source 是细胞类型、target 是 marker 基因。 准备自己的数据时可以在 Excel 中按示例格式排好然后复制到网页的两个输入框中。Step 2输入检查重要将数据粘贴到输入框后先点击「输入检查」。后台会逐行逐列检查数据格式并提示需要修改的地方。检查通过后继续设置参数。▲ 图3载入示例数据▲ 图4输入检查结果 如果检查未通过请根据提示修改数据重新检查直到检查通过。Step 3设置参数检查通过后进入参数设置。▲ 图5绘图参数面板【图片大小】图片宽度和高度决定输出画布的尺寸。主图缩放用于控制圆形主体在画布中的占比数值越小四周留白越多外圈文字也更不容易被截断。使用时可与图片大小一起调整。【弧线颜色】前6个分组可以分别设置颜色分组超过6类时其余类别使用系统默认颜色。页面还提供三种配色方式① 颜色集 —— 内置 npg、lancet、aaas、jama、nejm、jco 和 frontiers 七套配色② 随机颜色 —— 每次点击会生成一组新颜色③ 自定义 —— 粘贴以空格分隔的十六进制色号例如 #E64B35 #4DBBD5 #00A087【外圈文字颜色】可以分别设置两列实体名称的颜色。示例中第一列的表型名称为黑色第二列的基因名称为红色。【弧线相关】可以设置弦线粗细、bend弯曲参数和透明度。关系较多时可结合预览调整避免中心区域过于拥挤。【字体设置】外圈实体名称和小圆圈内数字的字号可以分别调整。字体支持 Times New Roman 和 Arial。【小圆圈半径】控制节点旁小圆圈的大小数值越大圆圈越大。【起始角度】用于调整整张图在圆周上的角度位置。Step 4提交出图参数设置完成后点击「提交」按钮约1s后生成预览图。▲ 图6预览图Step 5下载与后期编辑平台支持下载 PDF、SVG、PNG 和 TIFF 四种格式其中PDF和SVG是矢量图PNG 为300 dpiTIFF 为600 dpi。需要移动文字、替换字体或组图时可以使用Adobe Illustrator 或 Inkscape 编辑保存 PDF 或 SVG。✍️ 小结弦图用圆周两侧的节点和中间弦线表示两类实体之间的对应关系并用颜色区分起始节点的类别。它适合以下场景• 展示表型与基因、通路与基因、细胞类型与基因等多对多关系• 比较不同类别节点的连接数量和分布整个流程在网页中完成不需要单独写代码或安装绘图软件。 新增功能可以从预览图下方的「参数」链接下载 JSON 文件其中保存了输入数据和绘图设置。▲ 图7参数文件完成一版满意的图后可以把参数文件图片原始数据放在一起保存下次可以直接导入参数复用。▲ 图8导入参数恢复数据和绘图设置微生信助力高分文章谷歌学术10000