湿法磷酸中需要除去的主要杂质是氟、硫酸根、铁、铝、镁、硅、钙，钠、钾等。有的湿法磷酸还含有微量的有害重金属如砷、铅、镉等。对这些杂质，应根据磷酸盐的不同要求，对湿法磷酸进行相应的净化处理。
常用的方法有：
（1） 化学沉淀法 加入一定量的沉淀剂，使杂质沉淀出来，这是湿法稀磷酸脱氟或除去各种有害重金属普遍采用的方法之一。代表性方法有中和沉淀法或硫化物沉淀法。
（2） 有机溶剂萃取法 有机溶剂萃取法是基于磷酸可溶于有机溶剂中，而其他杂质则不被萃出，从而使磷酸与杂质分离而达到净化。
（3）溶剂沉淀法 此法采用一种可与水完全混溶的水溶性的有机溶剂，过量地加到湿法磷酸中，再加入一定量的碱金属盐或铵盐，使杂质沉淀析出，经蒸馏回收有机溶剂，馏余液即为净化磷酸。 （4）离子交换法 用强酸性离子交换树脂处理湿法磷酸，能够除去其中大部分阳离子杂质。还有一种方法是将磷矿用过量磷酸分解，滤去不溶物，再将冷却结晶，将结晶分离，洗涤后溶解于水，通入H型阳离子交换树脂塔中，制得精制磷酸。
（5）结晶法 此法是将萃取液中溶质结晶析出的方法。
（6）浓缩净化法 湿法磷酸被加热到一定程度后，氟大部分呈气态氟化物(SiF4、HF)逸出。若加入活性硅并通入饱和蒸汽，会增加氟逸出量。而杂质多以焦磷酸盐或偏磷酸盐形式沉淀出来。过滤即可除去。
（7）其它净化方法 有电渗析法、吸附法、磷矿焙烧法、磷化物水解法等。
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